Desejaria que houvesse o cuidado de lhe escolher [à criança] um condutor [preceptor] que antes tivesse a cabeça bem feita do que muito cheia.
Michel de Montaigne
Existem diversas hipóteses em relação a origem dos metazoários, são elas a Hipótese Colonial, Hipótese Sincicial e Hipótese Simbiótica.
Hipótese Colonial
As hipóteses coloniais falam que os metazoários se originaram de uma colônia de células protistas que se especializaram para realizar funções diferentes. Essas teorias se baseiam no desenvolvimento embrionário dos animais que formam um ovo/zigoto até o estágio de larva, que em sua fase inicial pode se relacionar a célula dos metazoários com a célula dos ancestrais protistas. Essas teorias são fundamentadas nos estudos de Haeckel, que acreditava que a embriogenia refletia na filogenia do grupo, criando uma sequencia de ancestrais e descentes.
Uma hipótese que foi proposta por Haeckel tem base na lei biogenética, que falava que a blástula e a gástrula dos embriões novos recapitulavam um ancestral, a blastea e a gastrea. Porém esta teoria não pode ser completamente aceita porque as colônias protistas atuais são haploides e estão em agua doce, o que contraria os indicadores de que os metazoários surgiram em ambiente marinho. Alem de que os protistas flagelados que se parecem com uma blástula são fotossintetizantes, mais semelhante a uma planta do que a um animal.
Existe uma hipótese da Trochaea, que possui alguns pontos que foram modificados. Nesta teoria, a mórula seria o ancestral dos poríferos e a gastrea dos cnidários. Esta hipótese se baseia em uma sequência de animais hipotéticos, que apresentam semelhança ao desenvolvimento dos metazoários. Existe também a hipótese Blastea/Plânula, que apenas se distingue da anterior porque a evidencia embrionária utilizada vai somente até a blástula.
Hipótese Sincicial
Na hipótese sincicial os metazoários se originam de uma única célula protista que dividiu seu citoplasma devido ao surgimento de paredes celulares, o que originou uma massa multicelular. Como evidencias para esta teoria são os protistas ciliados que possuem vários núcleos e realizam conjugação, o que pode ter originado a reprodução sexuada presente nos metazoários. Por esta hipótese, os primeiros deste reino seriam bilaterais e sem tubo digestivo, semelhantes aos platelmintes.
O problema desta teoria é que se o primeiro metazoário fosse triblástico ele deveria ter regredido e se tornado mais simples, como os poríferos.
Hipótese Simbiótica
A hipótese simbiótica fala que os metazoários teriam se originado através de células de diferentes organismos protistas, tais como amebas e flagelados, e teriam relação de simbiose. Porém esta teoria é inválida porque não tem como materiais genéticos de diferentes protistas gerarem um metazoário de material genético único com capacidade de se reproduzir.
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